„Komisję morderstw” wyróżnia różnorodność prezentowanych zagadek, które często sięgają w głąb historii Polski. Wydział bada m.in. tajemnice Breslau lat 30. i sprawy Żołnierzy Niezłomnych oraz analizuje zagadkowe przypadki z czasów II wojny światowej. Policjanci zajmują się również historiami z Ziem Odzyskanych, skomplikowanymi sprawami sekt z lat 80. i wieloma innymi fascynującymi wątkami. Każdy odcinek prezentuje nową, intrygującą sprawę, którą zespół musi rozwiązać. Twórcy umiejętnie łączą elementy klasycznego kryminału z psychologiczną analizą postaci i interesującym tłem historycznym, co dodaje głębi przedstawionym historiom.