Pięćdziesiąt lat temu japońskie siły zbrojne zabiły Godzillę, a przynajmniej tak im się wydawało. Kraj zaczyna nawiedzać seria przerażających klęsk żywiołowych, a u wybrzeży zaobserwowano niewytłumaczalne zatonięcie amerykańskiej łodzi podwodnej. Tajemniczy starzec ostrzega naród, że Godzilla powrócił, aby zniszczyć Japonię w ramach zemsty za wszystkie dusze utracone podczas wojny na Pacyfiku. Wojsko jest bezsilne wobec potwora, więc mistyk budzi Święte Bestie Yamato – Króla Ghidorę, Mothrę oraz Baragona; śpiących gigantów, którzy w starożytności chronili kraj. Między monstrualnymi istotami dochodzi do walki.