"Domownicy z wyboru" koncentruje się na losach Hotaru Akagi. Jej poukładane życie zostaje niespodziewanie zaburzone przez parę intruzów: Tomoe i jej syna Jina. Hotaru, zamiast zgłosić włamanie na policję, z własnych, niejasnych powodów, proponuje im zamieszkanie pod swoim dachem.
Serial śledzi rozwój tej niecodziennej, zastępczej rodziny. Trójka obcych sobie ludzi, z których każdy ukrywa bolesną przeszłość i marzenia o normalności, próbuje wspólnie funkcjonować. Centralnym punktem opowieści są ich wzajemne interakcje, budowanie zaufania i kwestionowanie tradycyjnych norm dotyczących tego, co czyni rodzinę rodziną. To historia o poszukiwaniu przynależności, akceptacji i miłości w świecie, który często wymaga od nas dopasowania się do z góry określonych ról społecznych.